อย่างไรก็ตาม ขณะนี้กำลังเจรจากับสถาบันการเงินเจ้าหนี้ ประกอบด้วยธนาคารกรุงไทย ธนาคารทหารไทย ธนาคารนครหลวงไทย และธนาคารกรุงศรีอยุธยา ขอปรับปรุงโครงสร้างหนี้ 10,700 ล้านบาท จากเดิมต้องชำระให้หมดใน 12 ปี ขอยืดการชำระหนี้ออกไปอีก 15-20 ปี ขอปรับลดอัตราดอกเบี้ยลง จากเดิมอัตราดอกเบี้ยอยู่ที่ MLR 0.25% ซึ่งรับภาระดอกเบี้ยที่ 60 ล้านบาท/เดือนหรือ 700 ล้านบาท/ปี คาดว่าการเจรจาจะได้ข้อยุติภายใน 1-2 เดือนนี้

หลังปรับโครงสร้างหนี้ บริษัทจะมีสภาพคล่องในการชำระหนี้มากขึ้น เพราะตอนนี้มีรายได้เพิ่มขึ้นก็จริง แต่ขาดทุนเพราะต้องจ่ายดอกเบี้ย ทำให้ไม่มีกำไร ถ้ารัฐก่อสร้างรถไฟฟ้าสายสีม่วง บางซื่อ-บางใหญ่ ซึ่งจะแล้วเสร็จในอีก 3 ปีข้างหน้า จะทำให้บริษัทเริ่มมีกำไร เพราะผู้โดยสารจะเพิ่มขึ้นอีกประมาณ 1 แสนคน/วัน

นอกจากนั้นจะมีรายได้ที่เพิ่มขึ้นจากการปรับค่าโดยสาร วันที่ 1 มกราคม 2552 จากเดิม 15-39 บาท เป็น 16-40 บาท โดยช่วงวันที่ 3 กรกฎาคม ถึง 31 ธันวาคม 2551 บริษัทจะจัดโปรโมชั่น เก็บค่าโดยสารบุคคลทั่วไปเท่าเดิม คือ 15 ถึง 39 บาท และกำลังพิจารณาลดอัตราค่าโดยสารบัตรโดยสารชนิดอื่นๆ เพิ่มเติมอีก หน้า 10