แต่ฝ่าย ป.ป.ช.อ้างถึงหนังสือที่นายรองพล เจริญพันธุ์ เลขาธิการคณะรัฐมนตรีมีไปถึงเลขาธิการ ป.ป.ช. ลงวันที่ 20 ธันวาคม 2549 ระบุว่า ตามที่ได้ขอให้สำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรีนำความกราบบังคมทูลพระกรุณาโปรดเกล้าฯแต่งตั้งประธานและกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ ทั้งนี้ ตั้งแต่วันที่ 6 ตุลาคม 2549 เป็นต้นไป ความละเอียดแจ้งแล้วนั้น สำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรีได้ขอให้สำนักราชเลขาธิการนำความกราบบังคมทูลพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งต่อไปแล้ว บัดนี้ ได้รับแจ้งความเห็นว่า ป.ป.ช.ที่คณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตย อันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข (คปค.) ได้มีประกาศฉบับที่ 19 แต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งแล้วนั้น ย่อมถือได้ว่ามีผลสมบูรณ์ที่สามารถบังคับใช้ได้ตามกฎหมาย เนื่องจากขณะนั้นคณะปฏิรูปการปกครองฯมีฐานะเป็น รัฏฐาธิปัตย์ มีอำนาจเด็ดขาดแต่เพียงผู้เดียว ประกาศหรือคำสั่งของคณะปฏิรูปการปกครองต่างๆ ย่อมมีผลบังคับใช้ได้โดยชอบมาตั้งแต่ต้น

แต่ประเด็นเรื่อง คำสั่ง หรือประกาศของคณะรัฐประหาร ถือเป็นการออกโดยรัฏฐาธิปัตย์หรือไม่ ยังเป็นข้อถกเถียงทางวิชาการ

โดยคำว่า รัฏฐาธิปัตย์ หมายถึง ผู้มีอำนาจปกครองสูงสุด

กรณีที่เกิดขึ้น ขณะนั้น คปค.ถือว่าเป็นผู้มีอำนาจสูงสุดของรัฐ และขณะนั้นไม่มีรัฐธรรมนูญและรัฐสภา คณะรัฐประหารจึงสามารถใช้อำนาจอธิปไตยในการจัดตั้งองค์กรทางการเมือง แต่ทั้งนี้ยังคงต้องอาศัยตัวบทกฎหมายในการจัดตั้ง โดยตัวบทกฎหมายดังกล่าวคือบรรดาประกาศฉบับต่างๆ ของ คปค.นั่นเอง

ข้อถกเถียงในทางวิชาการคือ ประกาศของคณะยึดอำนาจ ออกมาโดย รัฏฐาธิปัตย์ หรือไม่

ฝ่ายหนึ่งมองว่า เมื่อคณะปฏิวัติยึดอำนาจสำเร็จ ทำให้ไม่มีรัฐธรรมนูญและรัฐสภา ดังนั้น ประกาศหรือคำสั่งต่างๆ ของคณะปฏิวัติจึงถือเป็นกฎหมายที่ออกมาจากรัฏฐาธิปัตย์

ขณะที่อีกฝ่ายหนึ่งมองว่า คณะปฏิวัติเป็นผู้ที่ได้อำนาจรัฐมาโดยนอกวิถีทางประชาธิปไตย ฉะนั้น เมื่ออำนาจนี้ได้มาโดยมิชอบ คำสั่งที่ออกมาย่อมไม่ชอบตามมาด้วย

หน้า 11